Le Secrétariat général est constitué de services techniques sous le management du secrétaire général élu qui organise la mise en œuvre des feuilles de route annuelles validées par le conseil d’administration. Le secrétariat général s’appuie sur les coordinations régionales au niveau décentralisé.

Les services techniques sont :

o la comptabilité et l’administration ;
o le suivi / évaluation / prévision des projets et des programmes ;
o le genre ;
o le financement rural ;
o l’information et la communication ;
o la formation.

L’ensemble de ces services mobilise 16 personnes dont cinq (5) femmes.

Un volontaire du CECI vient en appui aux communications de la FONGS dans le cadre du Programme canadien Uniterra 2 depuis la mi-décembre 2012. Il est délégué à la FONGS par le CNCR exécute un Projet de coopération dans le cadre du Programme Uniterra 2.

Le comité de pilotage (COPI) restreint est composé des appuis techniques qui travaillent sous la supervision du secrétaire général.

Le comité de pilotage élargi regroupe en plus du COPI restreint, les 11 coordinateurs régionaux et parfois des personnes ressources en fonction des thématiques.